原本nasa愿意出借真实的地面指挥中心给杰德拍摄，不过杰德为了自己可以控制拍摄周期和时长而委托道具师在环球影城的摄影棚里完全真实再现了休斯顿指挥中心的场景。而所有参与地面中心演出的演员则被派遣到这里进行突击学习，了解一般地面工作人员要从事什么工作。
在事后接受记者采访的时候，艾德哈里斯忍不住对《好莱坞报道》的记者揶揄道：“你知道的，我原本对物理学是一窍不通的。但是参加完这次演出之后，我非常有信心去参加录取也不一定。”
因为有nasa这个大财主在，杰德对道具的要求也近乎苛刻了。电影拍摄中的登月舱和着陆舱等设备是nasa当年遗留下来的真正的阿波罗十三号备用设备，甚至连宇航服都是真实可用的。看到杰德无节制地征用nasa设备，公关办公室的工作人员脸都绿了。好在这些设备都是报废设备，要不然nasa还得向国会解释这些物品为何被人拿走了。
当一切前期工作都准备好之后，《阿波罗13号》正式开拍。作为杰德的第三部作品，这部电影还是得到了一定的关注。杰德在接受《洛杉矶时报》采访的时候表示，“这是一部纯粹的商业电影。当然，我在其中还倾注了自己对航空英雄们的一些敬意。所有的情节我都尽量让它符合真实，同时充满了电影所需要的一切元素。我想暑假的时候，你们会喜欢的！”
“看来杰德谢尔曼先生还是没有记住自己去年秋季的失败啊！”《综艺》很快就刊发了评论文章，“从三月到暑期档不过就四个月、五个月的样子，我们的谢尔曼先生是如何完成一部太空题材的作品呢？难道他打算从新闻纪录片剪辑点素材，再凑合几个场景就完成么？”
不过《综艺》的揶揄并没有打扰到杰德的拍摄，由于有了前期的培训，因此在拍摄的时候很少出现低级错误，地面场景的拍摄非常顺利。困难的问题在于太空场景的拍摄，虽然不少镜头其实也是在地面拍摄的，但是狭小的太空舱给拍摄带来了极大的麻烦。尽管为了拍摄方便而将太空舱做成了可拆卸式样的，但是为了保证镜头不出境也费了摄影师不少功夫。
而这部电影最大的难度就是所有涉及失重镜头的拍摄，这些镜头必须要搭乘波音飞机做抛物线飞行的时候才能拍摄。由于每次失重时间只能持续25秒，所以整个剧组都必须绷紧神经拍摄。在波音飞机上临时搭建的摄影棚容纳的人非常有限，但是身为导演的杰德是无论如何都必须到场的。所以经常是一天拍摄完之后，就看着杰德带着一群脸色苍白的剧组成员走出飞机舱。而汉克斯他们由于经受过培训，所以比杰德等人看上去要稍微正常一点。
虽然拍摄有些辛苦，但好在大家还是在预定的档期内将电影拍摄完成，剩下的便是后期制作的工作了。而与此同时，吴宇森也带着他的作品回来了。跟杰德的拍摄速度想比，吴宇森这次拍摄《勇敢者的游戏》速度就相对慢了许多。而且据片场的人反映，吴宇森这次对镜头的细致程度要求非常严格，不仅几个儿童演员有些受不了，连罗宾威廉斯这样的成年人都有些抱怨了。
当然，除了拍摄严苛之外，吴宇森这次对于特效的要求也是非常严格的，连卢卡斯都被他弄得差点暴走了。不过在特效团队和剧组成员的通力合作下，吴宇森还是完成了这部家庭题材的冒险片。
吴宇森将拷贝交给杰德的时候，苦笑道：“我都不觉得这是我的电影了。没有任何枪战和打斗风格，感觉像是变成了另外一个人。”
杰德却正色道：“吴先生，难道你以为披风墨镜才是你的风格？难道你的‘暴力美学’仅仅局限在不断落下的子弹壳和天空飞舞的白鸽？如果仅仅是这样，那么你开创的‘暴力美学’未免就太肤浅了。我建议吴先生可以看看昆汀最近剪辑的一些小玩意，他利用香港电影做素材剪辑了一些他想要的东西。原本拍的人和他完全无关，但是经过剪辑之后，你可以看到强烈的属于他的风格的东西的呈现。吴先生，我相信你的能力也尊重你的专业，希望你不要让我失望。我会亲自负责《勇敢者的游戏》的剪辑工作，我很期待你的‘新作品’！”
吴宇森脸色微微一红，其实他多多少少还是对杰德安排自己拍摄这样题材的作品有些不满，自己毕竟是香港的大导演啊！可被杰德这么一讽刺，吴宇森才发现自己的自大症又发作了。
其实吴宇森在拍摄《勇敢者的游戏》也下了许多功夫，相较于原作那些粗枝大叶的动作设计，被吴宇森这个美学狂人修得是行云流水一般，再加上摄像机机位运动的配合，许多场景一拍出来就是非常富有冲击力的。